Hijo de ugandeses que huían del régimen de Idi Amin Dada,2​ Michael Kiwanuka creció en el barrio de Muswell Hill, al norte de Londres, aficionado al club de futbol Tottenham y a la guitarra.

«En casa se escuchaba poca música, porque el tocadiscos estaba roto» dice sobre su niñez.

A sus 12 años, la madre había ahorrado para regalarle una guitarra, lo que le significó una revelación. Comenzó a tocar en grupos del barrio, influenciado por Nirvana o Radiohead.

​A los 15 años escuchó dos discos que le ofreció un amigo (Sitting In The Dock Of The Bay de Otis Redding y el álbum The Freewheelin de Bob Dylan) y se animó a hacer música en solitario

Se convirtió en músico de estudio (sobre todo para artistas de R&B, funk y jazz) y ambicionó escribir para los demás, antes de pensar en cantar para darse a conocer.